Aunque separado del desarrollo oficial de la distribución que el mismo creó Daniel Robbins está planeando grandes cambios para Funtoo con la intención de convertirlo en algo mucho más que el fork de Gentoo que conocemos hasta ahora.

En su blog Robbins explica alguna de las ideas que tiene en mente, pidiendo la opinión de todos los usuarios de Funtoo:

1. Soporte de Mac OS X con un modo "híbrido", donde algunos paquetes ofrecidos por Apple (como GCC, Perl, Python, etc.) serían inmutables (no se podrían actualizar), mientras que otros podrían "emergerse" normalmente.
2. Un sistema de Linux mucho más simple. El stage3 de Gentoo sería muy complejo y Robbins quiere reescribir 250+ ebuilds del núcleo del sistema, haciendo que todas las características específicas de Gentoo estén en paquetes opcionales.
3. Usar la licencia de 3 cláusulas de BSD y tal vez utilizarla en un licenciamiento dual junto con la Microsoft Public License (Ms-PL), "forkeándola" en la Funtoo-PL.
4. Mudarse a una estructura de /usr/src y /usr/ports al estilo de FreeBSD y a un modelo de lanzamientos tradicional del tipo point release (por ej.: 7.0, 7.1, 7.2, etc).
5. Apartarse de Portage para el núcleo del sistema, usando en su lugar en sistema mínimo inspirado en el de Linux From Scratch y sin ninguna parte específica de Gentoo.

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