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ParallelKnoppix es otra distribución basada en Knoppix 3.7 que permite crear un clúster hetereogéneo de computadoras para procesamiento en paralelo. Montar un clúster de este tipo lleva alrededor de 15 minutos, si los nodos tienen placas de red que soporten PXE. Al contrario que ClusterKnoppix, ParallelKnoppix usa implementaciones libres del Message Passing Interface (MPI), con un máximo preconfigurado de 50 nodos.